Pseudomonas

Ystävällinen

Bakteerit on suvun Pseudomonas voidaan määritellä:

• Basillit on Gram-negatiivinen , oksidaasi +;
• Tiukat aerobit ( ”nitraattihengitys” joillakin lajeilla );
• Alentavan glukoosia mukaan aerobinen tai inertti hengityksen suhteen glukoosiksi . Ne eivät hyökkää sokereihin eivätkä hyökkää oksidatiivisesti eivätkä fermentatiivisesti  ;
• Yleensä liikkuva polaarisen repeytymisen avulla (monotriisi tai lophotriche);
• Vaatimaton, kasvanut 0  kohteeseen  30  ° C  ;
• Indoli -;
• Asporuloi;
• Pesäkkeet usein pigmentoituneet.

2000-luvun alussa Pseudomonaceae-perhettä pidettiin todennäköisesti planeetan yleisin ja laajimpana elämänmuotona. Tämä suku sisältää yli sata kaikkialla esiintyvää lajia (joista tyypin laji on Pseudomonas aeruginosa , jota yleensä kutsutaan Bacillus pyocyanikseksi ). Tätä lukua kuitenkin pienennetään, koska filogenetiikan kehitys mahdollistaa luokituksen tarkentamisen. Meillä on taipumus kohti kuusikymmentä lajia.

Elinympäristö

Nämä ympäristössä laajasti levinneet bakteerit elävät maaperässä ja makeassa, suolaisessa ja murtovedessä, pinta- ja maanalaisessa vedessä, ja jopa elävät tiettyjen kantojen suhteen sumuissa , sateessa tai pilvissä yli 10 km: n korkeuteen. . Niitä esiintyy kasveissa, elävissä orgaanisissa aineissa (elintarvikkeissa), mikä joskus johtaa niiden aistinvaraisiin pilaantumisiin . Ihmiset ovat kasvattaneet elinympäristöjään muun muassa lento-, meri- ja jokikuljetusten kautta maaperään hydraulisen murtamisen kautta, koska sitä esiintyy myös lietteen porauksessa ja murtumisnesteissä .

Niitä esiintyy ihmisillä tai eläimillä nenäontelossa ja suolistossa. Ne muodostavat pääosin kommensaalisen kasviston .

Joillakin on patogeeninen rooli:

• kasveissa (muutama laji, mukaan lukien Pseudomonas syringae , jonka yksi kanta on tuhonnut tai sairastanut nuoria kastanjapuita tuhansia 2000-luvun alusta lähtien);
• ihmisillä ja eläimillä (pääasiassa Pseudomonas aeruginosalla ).

Niillä on useita ekologisia markkinarakoja, mutta niitä esiintyy erityisesti kosteissa ympäristöissä, kuten makea vesi, merivesi ja lämpövesi. Niitä esiintyy pienemmissä määrin orgaanisessa aineksessa (erityisesti seisovassa vedessä) olevassa vedessä mikro-organismien välisen kilpailun seurauksena, kun Pseudomonas ei ole tehokkain. Kodeissa niitä esiintyy tiskialtaissa, sadevesisäiliöiden vedessä, joka kasvien kasteluun käytettynä voi aiheuttaa kasveille, erityisesti kukille (fytopatogeenisille lajeille) sairauksia.

Ekologiset erityispiirteet

Pseudomonasin hyvin yleinen luonne liittyy bakteerien epätavalliseen sopeutumiskykyyn, mikä antaa niille mahdollisuuden sopeutua nopeasti lukuisiin ympäristöihin ja vaikeisiin elinoloihin. Jotkut pseudomonas aeruginosa -kannat ovat mikrobien joukossa, joiden tiedetään olevan vastustuskykyisimpiä antibiooteille

• Niiden genomi (äskettäin sekvensoitu: 6,3 Mbp ja GC-pitoisuus 66%) on yksi suurimmista bakteerimaailmassa. Se sisältää 5570 avointa lukukehystä ja sisältää suurimman osan tunnetuista säätelygeeneistä. Kataboliaa , kuljetusta, ulosvirtausta ja kemotaksia varten tarkoitettu geeniparisto antaa heille mahdollisuuden vastustaa monia stressitekijöitä; heillä on yli 300 erilaista ravinteiden kuljetusjärjestelmää;
• He voivat elää hapen kanssa tai ilman ( anaerobisissa olosuhteissa he käyttävät nitraatteja lopullisena elektroninakseptorina) ja kaikissa ympäristöissä ja monissa lämpötiloissa ja paineissa.
• Heillä on monia ruokintamekanismeja;
• He ovat aktiivisesti liikkuvia;
• Niille on annettu vähintään 55 detektoriproteiinikinaasia, 89 transkriptiotekijää ja 14 detektori / säätelyfuusioproteiinia; niin monta anturia ja "työkalua", joiden avulla he voivat löytää erilaisia ​​ravinteiden lähteitä ( kemotaksis );
• Niiden kalvo on kestävä (melko hyvä vastustuskyky esimerkiksi auringon UV-säteille), ja niiden kalvojen läpäisevyys on heikko, mikä vahvistaa niiden kestävyyttä ulkoisille rasituksille;
• Tietyt lajit ( erityisesti P. aeruginosa ) erittävät voimakkaita sienitautien torjunta-aineita, joiden avulla ne voivat vastustaa sieni-iskuja, samalla kun he saavat ravintoresursseja kilpailematta sienien kanssa;
• Heillä on laaja valikoima huokos- ja poistopumppuja, joiden avulla he voivat hallita sisäistä ympäristöään ja evakuoida lukuisia, häiritseviä tai tarpeettomia antibioottimolekyylejä ulkopuolelle (Walsh 2003).
• Heillä on adheineja, LPS, tyypin III eritysjärjestelmä, erittävät ExoS- ja ExoU-toksiineja, elastaasia ja alginaattia, joiden avulla ne voivat muodostaa erittäin kestäviä biofilmejä.

Biohajoavuus

Monilla Pseudomonas- kannoilla on tärkeä rooli biohajoamisprosesseissa . Saastuneiden alueiden kunnostamis- ja käsittelyprosesseissa biohajoavuus voi olla suotuisampaa tai nopeutettua ravinnepitoisuudella tai valikoiduilla bakteerikannoilla. Tämä pätee esimerkiksi polttoöljyn tai raakaöljyn aiheuttamaan maaperän tai veden pilaantumiseen . Tällöin kylvö sekoitetuilla Pseudomonas- ja Rhodococcus- kannoilla, ja niiden on osoitettu olevan tehokkaampia hajottamaan polttoöljyä vesiympäristössä. Jälkimmäisessä tapauksessa emme ole pystyneet parantamaan bakteerien suorituskykyä lisäämällä yhdistystä kolmeen, neljään tai viiteen muiden bakteerikantaan. Sieni / bakteeriyhdistys on myös hyvin yleistä orgaanisen aineen hajoamisessa tai tietyissä patogeenisissä prosesseissa (superinfektio).

Patogeeninen rooli

Ihmisillä Pseudomonas aeruginosa -laje (jota kutsutaan myös pyocyanic bacillukseksi) esiintyy usein opportunistisena patogeenina . Sitä esiintyy ihon ja limakalvojen kulkuvälineessä ja aiheuttaa haavojen tai palovammojen sekundaarisia infektioita. Immuunipuutteisilla henkilöillä se voi aiheuttaa erilaisia ​​iho- ja sisäelinten infektioita tai jopa sepsistä . Sillä on erityisen suuri sairaalainfektioiden riski ( sairaalahoidon kautta), erityisesti tietyille yleisille antibiooteille vastustuskykyisissä kannoissa.

Muut bakteerit eivät ole sinänsä kovin aggressiivisia, mutta yleensä käyttäytyvät "opportunistisina" bakteereina, jotka hyödyntävät epänormaalia implantaatio-olosuhteita heikentyneissä yksilöissä, aiheuttaen korvausflooraa tai vakavia infektioita vahingossa viemällä elimistöön (katetrointi, baxter, kyselyt jne.). Heidän roolinsa on lisääntynyt viime vuosina, erityisesti sairaaloissa.

Hoito

Antibiootit

Pseudomonas aeruginosas on herkkä fluorokinoloneille, eikä sillä yleensä ole vaikeuksia hoidossa. Joistakin kannoista tulee kuitenkin antibioottiresistenttejä. Valitettavastiihmiset ovat keinotekoisesti valinneet nämä lääkkeetvastustuskykyisen luonteensa ja antibioottiensa massiivisen käytön vuoksija saattavat päätyä hallitsemaan muita.

Sairaalaympäristössä on ihanteellinen paikka tälle toivottuja valinta ja Pseudomonas aeruginosa on vastuussa monista sairaalainfektioita .

Fagoterapia

Faagia hoitoa käytetään ihmisiin joissakin maissa, kuten Venäjällä ja Georgiassa. Venäjällä on apteekeissa bakteerifagi- cocktail, joka on erityisesti suunniteltu Pseudomonasia vastaan .

Ranskassa faagihoito on mahdollista vain ANSM: n myöntämän väliaikaisen käyttöoikeuden nojalla. Pherecydes Pharma on kehittänyt bakteriofagi-cocktailin P. aeruginosaa vastaan : P. Aeruginosa PHAGE PP113. Se on ensimmäinen bakteriofaagi, joka ilmestyi ranskalaisissa huumeiden viitetiedoissa . Se on saatavana vain ATUn-palvelimella .

Perinteisen hoitopiirin kautta puuttuu ratkaisu, ja Ranskaan on perustettu potilasjärjestöjä helpottamaan vieraiden bakteriofaagien saatavuutta.

Bakteriologiset merkit

Mikroskooppinen morfologia

Ulkonäkö  : lajit suvun Pseudomonas ovat hienoja, suora gram-negatiivisia basilleja ja hyvin liikkuvaa ansiosta polaarinen siiman : monotrich ciliature, vailla itiöitä ja kapselit.

Ryhmittely  : ne esiintyvät suurimman osan ajasta eristettynä tai diplobasillina.

Kulttuurihahmot

Pseudomonas- suvun lajit eivät ole kovin vaativia bakteereita, valtaosa lajeista ei vaadi kasvutekijöitä ja pystyvät käyttämään ainoana hiili- ja energialähteenä laajan kirjon yksinkertaisia ​​ja vaihtelevia hiilipitoisia substraatteja.

Ne kehittyvät kaikissa tavallisissa medioissa , jopa yksinkertaisimmissa. He ovat emäksistä rakastavia.

Niillä on myös suuri toleranssi ympäröivän lämpötila-alueilla, mutta joilla on optimaalinen lämpötila kasvun välillä 30 ja 35  ° C: ssa ( mesofiilinen ), ne voivat kehittää lämpötiloissa välillä 4 ja 42  ° C: hidastamalla niiden aineenvaihduntaa . Jäähdytetyt huoneet ja inkubaattorit eivät siten haittaa niiden kasvua kokonaan.

Ne ovat vastustuskykyisiä monille bakteerien estäjille, erityisesti kemiallisille aineille. Ne kehittyvät edelleen tietyissä antiseptisissä liuoksissa (erityisesti setrimidissä ) ja ovat vastustuskykyisiä monille antibiooteille .