Krooninen , eli kehitystä haittavaikutuksilta pitkäaikainen epäpuhtauden tai jokin muu tekijä stressi on tärkeä näkökohta vesieliöiden toksikologian. Tähän myrkyllisyyteen liittyvät haitalliset vaikutukset voivat olla suoraan kohtalokkaita, mutta ovat usein vain subletaalisia; Näitä ovat muutokset kasvussa, lisääntymisessä tai käyttäytymisessä. Krooninen myrkyllisyys on vastoin välitöntä myrkyllisyyttä, joka esiintyy lyhyemmällä aikavälillä ja suuremmilla pitoisuuksilla. Eri myrkyllisyystestejä voidaan suorittaa erilaisten epäpuhtauksien kroonisen myrkyllisyyden arvioimiseksi, ja ne kattavat tyypillisesti vähintään 10% organismin eliniästä. Kroonisen myrkyllisyyden vesieliöille -testien tuloksia voidaan käyttää veden laatua koskevien ohjeiden ja säännösten laatimiseen vesieliöiden suojelemiseksi.