Juutalaisten historiasta Azerbaidžanissa ulottuu useiden vuosisatojen ajan. Nykyään Azerbaidžanin juutalaiset koostuvat pääasiassa kolmesta erillisestä ryhmästä: vuoristojuutalaiset, suurin ja vanhin ryhmä; Ashkenazi-juutalaiset, jotka asettuivat alueelle toisen maailmansodan aikana , ja Georgian juutalaiset, jotka asettuivat pääasiassa Bakuun 1900-luvun alussa.
Vuonna 1990 tehdyt arkeologiset kaivaukset johtivat 1800-luvun juutalaisten asutuksen jäännösten löytämiseen Bakun lähellä ja synagogan löytämiseen 25 km Qubasta kaakkoon. Bakun ensimmäinen uskonnollinen kokoushuone rakennettiin vuonna 1832 ja organisoitiin uudelleen synagogaksi vuonna 1896; muita synagogia rakennettiin Bakuun ja sen lähiöihin 1900-luvun lopulla. Bakun ensimmäinen kuorosynagoga avattiin vuonna 1910 Uusi juutalainen synagoga, josta tuli yksi Euroopan suurimmista synagogista, avattiin Bakussa 9. maaliskuuta 2003. Azerbaidžanissa on toiminut myös juutalainen koulu vuodesta 2003. Tällä hetkellä on seitsemän aktiivista Azerbaidžanin synagogat: kolme Bakussa, kaksi Qubassa ja kaksi Oghuzissa. Jotkut niistä rakennettiin hallituksen taloudellisella tuella. Tammikuussa 2020 Vuorijuutalaisten yhdistys avasi uuden kulttuurikeskuksen Moskovan Sokolniki-puistoon
Historiallisesti Azerbaidžanin juutalaisia on edustanut useita alaryhmiä, pääasiassa vuoristojuutalaiset, askenazijuutalaiset ja Georgian juutalaiset. Azerbaidžan kerralla oli kotiin tai jopa pienet yhteisöt krymtšakit, kurdi juutalaisia ja juutalaisia Boukharian, sekä Gerim (muunnettu) ja ei-juutalaisten ryhmien kuten Judaists subbotnik. Tuolloin juutalaiset asuivat Chamakhin kaupungissa ja sen ympäristössä (lähinnä Mücün kylässä), mutta yhteisö on ollut olematon 1920-luvun alusta lähtien.
Vuonna 2002 Azerbaidžanissa oli juutalaisten asukkaiden kokonaismäärä 10000, joista noin 5500 oli vuoristojuutalaisia. Muutama tuhat lisää laskeutuu sekaperheistä. Vuonna 2010 Azerbaidžanin juutalaisten kokonaisväestö oli 6400 ihmistä. Juutalaiset asuvat pääasiassa Bakun, Gandan, Sumqayitin, Quban, Oguzin, Goytchayn kaupungeissa ja Qırmızı Qəsəbə -kaupungissa , joka on ainoa kaupunki maailmassa, jossa vuoristojuutalaiset muodostavat enemmistön (ja ainoa täysin juutalainen kaupunki Israelin ulkopuolella ).
1811 on vuosi, jolloin ensimmäiset askenazi-juutalaiset asettuivat Bakuun , mutta heidän laaja maahanmuuttonsa nykyiseen Azerbaidžaniin alkoi vasta vuonna 1870. Heidän maahanmuutto oli suhteellisen säännöllistä, mikä on johtanut paikallisen vuorijuutalaisyhteisön määrään vuonna 1910. kukoistavassa öljyrikkaassa Bakun kaupungissa. Kaspian-Mustanmeren yrityksen, joka on yksi Venäjän imperiumin tärkeimmistä öljy-yhtiöistä , perusti Bakuun varakas Rothschild-perhe, josta syntyi saksalaisia juutalaisia. Ashkenazi-juutalaiset jatkoivat maahanmuuttoa Azerbaidžaniin 1940-luvun lopulle saakka, ja monet heistä olivat toisen maailmansodan aikana Venäjältä , Ukrainasta ja Valkovenäjältä evakuoituja , jotka päättivät jäädä maahansa.
Ashkenazi-juutalaiset olivat erityisen aktiivisia Azerbaidžanin politiikassa. Kiovasta kotoisin oleva tohtori Yevsey Gindes oli Azerbaidžanin demokraattisen tasavallan terveysministeri (1918–1920). Samaan aikaan Bakun 26 komissaarista 6 oli Ashkenazi-juutalaisia. Vuonna 1912 noin kolmasosa Bakun rekisteröidyistä asianajajista ja lääkäreistä oli myös askenazijuutalaisia.
Vuoden 1972 jälkeinen [[alya]] vaikutti suurelta osin tähän Azerbaidžanin juutalaisten alaryhmään, koska heistä kaikista he olivat alttiimpia maastamuutolle. Tämä johti heidän lukumääränsä laskuun, mikä teki vuorijuutalaisista Azerbaidžanin suurimman juutalaisryhmän 1990-luvun puolivälissä. Nykyään maassa asuu noin 500 aškenaziläistä juutalaista.
Kuten monet tsaari- ja Neuvostoliiton aikaiset maahanmuuttajayhteisöt Azerbaidžanissa, Ashkenazi-juutalaiset näyttävät olevan venäläistettyjä. Suurin osa Ashkenazi-juutalaisista puhuu venäjää äidinkielenä, azeri on toinen. Jiddishin puhujien määrää ei tunneta.
Ei ole selvää, oliko paikallisilla juutalaisyhteisöillä ollut yhteyksiä Georgian juutalaisiin ennen tsaarin aikakautta, mutta 1910-luvulle mennessä Georgian juutalainen diaspora Bakussa luotti jo omaan koulutustaan. Nykyään Azerbaidžanissa asuu muutama sata Georgian juutalaista
Vuonna 1827 ensimmäiset kurdi-juutalaisryhmät, jotka puhuivat judeo-aramea, alkoivat asettua Azerbaidžaniin. Vuosina 1919-1939 Bakussa toimi kurdien juutalaisten synagoga. Neuvostoliiton jälkeen stalinistisen Neuvostoliiton hallituksen asenne heihin oli jonkin verran epäedullinen, ja vuonna 1951 kaikki kurdijuutalaiset karkotettiin Kaukasuksesta.
Erilaisia teorioita on esitetty alkuperästä vuoren juutalaisten ja tarkka päivämäärä niiden ratkaisemista Kaukasuksella. Yleisesti hyväksytyn teorian mukaan vuorijuutalaiset ovat keskiaikaisia maahanmuuttajia Persiasta ja mahdollisesti Bysantin valtakunnasta, jonka islamilainen valloitus karkottaa.
He asettuivat Kaukasuksen Albaniaan, Koura- joen vasemmalle rannalle, ja olivat vuorovaikutuksessa pohjoisessa makaavan Khazarian Kypchak Kaganatin kanssa. Näiden ensimmäisten juutalaisyhteisöjen kautta Khazarit kääntyivät juutalaisuuteen tekemällä siitä valtionuskonto. Seuraavien vuosisatojen ajan uskotaan, että vuorijuutalaiset siirtyivät pohjoisempaan suuntaan, jolloin väkivaltainen Oghouzesin muuttoliike alueelle siirtyi . Niiden määrän kasvua tuki jatkuva juutalaisten virta Iranista. Keskiajan lopussa Gilanin juutalaiset perustivat siirtomaa Oguziin. Vuorijuutalaiset loivat koko keskiajan kulttuuriset ja taloudelliset yhteydet muihin Välimeren juutalaisyhteisöihin.
Maatalous ja kangaskauppa olivat heidän päämiehensä Neuvostoliittoon saakka. Jotkut perheet harjoittivat moniavioisuutta. Vuonna 1730 Quban khanaatin hallitsija Huseyn Ali (sitten erotettu äskettäin Safavid-imperiumista) antoi asetuksen, jonka mukaan juutalaiset voivat omistaa omaisuutta khanaatissa.
Vuorijuutalaiset hallitsevat tällä hetkellä koko Azerbaidžanin juutalaista diasporaa. He puhuvat tattinkielestä erillistä murretta nimeltä Juhuri tai Judæo-Tat. Suurin osa puhuu useampaa kuin yhtä kieltä, toinen tai kolmas on useimmiten azeria tai venäjä.