Arvioitu enemmistö 86,3 prosentista kirgisilaisista on muslimeja, jotka ovat sunnit tottelevaisia , mutta läsnä on myös ateistisia tai ortodoksisia venäläisiä yhteisöjä . Uzbekkeja , jotka edustavat 12,9% väestöstä, ovat sunnimuslimit. Muiden kuin muslimien osuus Kirgisian väestössä on tällä hetkellä vähenemässä: venäläiset, ukrainalaiset ja saksalaiset muodostivat 31,9% väestöstä vuonna 1979, kun taas nykyään ne ovat vain 14,9% väestöstä.
Islam tuli Kirgisiaa VIII : nnen vuosisadan . Neuvostoliiton aikana muslimi-kulttuuri kuitenkin hävisi suurelta osin. Tällä hetkellä suurin osa kirgisilaisista harjoittaa uskontoaan shamaanien tapoja noudattaen elpymistä Khirgizistanin itsenäisyyden jälkeen. Suurin osa uskonnollisista johtajista ei osallistu yhteisöihin, vaan vain rukoilee moskeijaan tulevien ihmisten puolesta . Alueellisia eroja käytännössä on: Kirgisian eteläosa on uskonnollisempi, kun taas pohjoinen on sekularisoitunut. Neuvostoliiton kaatumisen jälkeen Kirgisia pysyi maallisena valtiona, joka ei pyrkinyt vaikuttamaan uskonnolliseen käytäntöön.
Islam otettiin käyttöön Kirgisian heimot välinen VIII : nnen vuosisadan ja XII : nnen vuosisadan . Toinen aalto islamilaistumisen pidettiin XVII th luvulla , kun Dzungar työnnetään Kirgisian Tienšan alue Ferghanan laaksossa , jonka väestö oli täysin muslimi. Dzungarin vaaran jatkuessa pieni osa Kirgisian väestöstä palasi aikaisempiin heimotapoihin. Kun Kokand Khanate saavutti pohjoisen Kirgisia XVIII th luvulla , monet Kirgisian heimot pohjoisesta jäi pois islamilaisen käytännöistä hallinnon. Kuitenkin lopulla XIX : nnen vuosisadan , kaikki Kirgisian kansa oli kääntynyt Sunnalaisuus. Jokaisella muslimien etnisellä ryhmällä on omat islamilaiset oikeudelliset perinteensä, mutta ne ovat myös säilyttäneet islamia edeltävät tavat ja perinteet.
Jotkut kirgisilaiset harjoittavat islamin ohella tengrismiä . Kyse on sen sukulaisuuden tunnistamisesta tietyn eläinlajin kanssa ja elämisestä sopusoinnussa luonnon, esi-isien, maan ja taivaan henkien kanssa. Tämä primitiivinen uskonto edelsi islamia, ja kirgisit valitsivat perinteisesti porot , käärmeet, pöllöt tai karhut palvonnan kohteiksi. Taivas, maa, aurinko ja kuu ovat myös tärkeässä asemassa. Nomadien vahva riippuvuus luonnonvoimista suosi shamaanimaisia uskomuksia, jotka ovat lähellä Siperian shamaanikäytäntöjä. Tällaisten käytäntöjen jälkiä on edelleen monien pohjoisten kirgisilaisten keskuudessa. Sen sijaan Etelä-Kirgisia on kiinnostunut islamista erityisesti Oshin lähellä .
Vaikka uskonnolla ei ollut merkittävää roolia Kirgisian politiikassa, islamin perinteisiä arvoja on edistetty voimakkaasti, vaikka kansallisesta perustuslaista Kirgisiassa on maallinen valtio. Perustuslaki takaa, ettei mikään uskonto tai ideologia häiritse valtion käyttäytymistä, mutta yhä useampi julkinen hahmo osoittaa tukea islamilaisille perinteille. Kuten muissakin Keski-Aasian maissa, ulkomaalaiset olivat huolissaan islamilaisen fundamentalismin jälkeen Iranin vallankumous , sillä osa väestöstä halusi pystyttää islamilaisen valtion kuten Iranissa ja Afganistanissa .
Mutta venäläisten asteittaisen maastapoistumisen vakavien taloudellisten seurausten takia presidentti Askar Akajev huolehti erittäin huolellisesti vakuuttamaan ulkomaalaisia siitä, että heidän ei tarvitse pelätä islamilaista vallankumousta. Hän vieraili Bishkekin tärkeässä ortodoksikirkossa ja tarjosi jopa miljoona ruplaa ortodoksisten kirkkojen rakentamiseen. Hän tuki samalla tavalla saksalaista kulttuurikeskusta. Paikallishallinto tukee suurten moskeijoiden ja medersojen rakentamista . Lisäksi laskut on laadittu dekriminalisoimiseksi moniavioisuus ja sallimaan julkisuuden tehdä Hajj on Mekkaan maksamatta veroja.
Vuonna haastattelun aikana Heinäkuu 2007Bermet Akayeva, entisen presidentin Askar Akajevin sisko, sanoi, että islam on kiristynyt yhä enemmän Kirgisiassa. Hän vaati, että monia moskeijoita oli rakennettu, ja kirgisilaisista oli tulossa uskonnollisempia, mikä auttoi tekemään yhteiskunnasta moraalisen. Kirgisiassa otettiin kansainvälisessä islamilaisen rahoituksen edistämisliikkeessä käyttöön lainajärjestelmä, ja maa tarjoaa nyt monia islamilaisia rahoitustuotteita ja -palveluja.
Kirgisian valtio tunnustaa kaksi islamilaista vapaapäivää: Eid al-Fitr (Öröz Ayt), joka sulkee Ramadanin , ja Eid al-Adha (Kurban Ayt), joka muistuttaa Abrahamin uhrausta . Valtio tunnustaa myös ortodoksisen joulun sekä perinteisen persialaisen Nowruzin loman .