Itä-Malesia kuuluu valtioiden Sabah ja Sarawak sekä Labuan , joka sijaitsee saarella Borneo . Tämä sarja on erotettu Malakka jonka Etelä-Kiinan merellä .
Tämä maanosa on vähemmän kehittynyt kuin niemimaan alue, mutta sillä on paljon luonnonvaroja (kaasu, öljy).
Sabah ja Sarawak annettiin itsenäisesti Malayan federaatiosta Pohjois-Borneon brittiläisenä siirtokuntana . He liittyivät Malayan federaatioon vasta vuonna 1963 .
Liittovaltiona Sabah ja Sarawak ovat kuitenkin säilyttäneet korkeamman autonomian kuin Malesian niemimaan osavaltiot . Maahanmuuttovalvonta on riippumatonta, ja jopa muissa osavaltioissa asuvien malesialaisten on käytävä läpi erityisiä menettelyjä.
Labuanin saaristo oli osa Sabahia vuoteen 1984 saakka , jolloin siitä tuli liittovaltion hallinnoima "liittovaltion alue", jonka tarkoituksena oli muuttaa se offshore- finanssikeskukseksi, jossa on erilliset tulli- ja verojärjestelmät.