Karyotyyppi (tai karyogram ) on tavallinen järjestely kaikkien kromosomien solussa, joka on otettu mikroskooppinen kuva. Kromosomit valokuvataan ja järjestetään vakiomuodossa: pareittain, järjestyksessä koon ja sentromeerin sijainnin mukaan . Karyotyyppejä tehdään kromosomaalisten poikkeavuuksien (kuten trisomia 21 ) havaitsemiseksi tai yksilön genomin tiettyjen näkökohtien , kuten sukupuolen (XX tai XY) , tunnistamiseksi . Huomaa, että kariotyyppi on valokuva.
Yksilön näytteen jälkeen soluja (usein verinäytteellä saatuja lymfosyyttejä ) viljellään in vitro . Viljelmä saatetaan sitten kosketukseen kolkisiinin , joka häiritsee sukkularihmastot ja estää solujen metafaasissa ja mitoosin . Sitten mitoosissa olevat solut kerätään, ne saatetaan turpoamaan inkuboimalla hypotonisessa väliaineessa ; ne asetetaan sitten kiinnittimen läsnäollelle ja lasilevylle kiinnitetty solususpensio levitetään mikroskooppista havainnointia varten, tätä kutsutaan kromosomilevitykseksi .
Tämä valmiste väritetään sitten. Klassisin värjäys on Giemsa-värjäys, joka johtaa asianmukaisen käsittelyn jälkeen kromosomeissa vuorotellen tummien ja vaalean vyöhykkeen ilmaantumiseen: “G-nauha”. Nauhojen topografia on ominaista kromosomille ja mahdollistaa sen tunnistamisen (saman parin kahdella kromosomilla on sama nauhojen topografia). On myös muita väritysmenetelmiä, jotka saavat aikaan muun tyyppisiä kaistoja (Q-Banding, R-Banding jne.). Jotkut näistä menetelmistä käyttävät fluoresoivia väriaineita .
FISH-tekniikkaa, joka ei pidä sekoittaa edellä mainittujen kanssa, käyttää koettimia tietyille nukleotidi- sekvenssejä , eikä väriaineita, jotka sitoutuvat kaikki kromosomit.
DNA- sekvenssit, jotka ovat komplementaarisia geenin tai genomin osan sekvenssille, valmistetaan in vitro ja kytketään fluorokromeihin . Tätä koetinta samoin kuin kromosomeja kuumennetaan, mikä vaikuttaa komplementaaristen säikeiden dissosiaatioon ( terminen denaturaatio ). Sitten ne kootaan yhteen ja annetaan jäähtyä. Tällä tavalla ( fluoresoiva ) koetin voi muodostaa parin kromosomissa olevan homologisen sekvenssin kanssa. Siksi saamme hybridi-DNA: n. Tämä tekee mahdolliseksi paikantaa geenin tai genomisen sekvenssin sijainti kariotyypissä fluoresenssimikroskooppia käyttäen ja siten osoittaa esimerkiksi epänormaali sijainti translokaatiosta johtuen.
Tässä uudessa tekniikassa hybridisoidaan erilaisia koettimia, joista kukin on spesifinen yhdelle koko kromosomille ja jotka on merkitty vaihtelevilla osuuksilla viidestä eri fluorokromista. Tämä antaa tyypillisen spektrin allekirjoituksen jokaiselle kromosomiparille (ts. Eri värit johtuen fluorokromin vaihtelevista osuuksista kromosomissa).
Indikaatiot kariotyypin suorittamiseksi: