Sisäinen transkriptoitu välike
Sisäinen transkriptio- välikkeen (tai sisäisen transkriptio- välike (ITS) Englanti) on osa ribosomaalisen DNA: n välissä geenin pieni ja suuri alayksikkö ribonukleiinihappo ribosomi . Sitä käytetään fylogenia sekä eukaryoottisissa ja DNA viivakoodaus sienistä tai syanobakteerien .
Sisäisten transkriptoitujen välikappaleiden mutaatioaste on merkittävästi suurempi insertioiden, deleetioiden ja pistemutaatioiden seurauksena , mikä tekee ITS-sekvenssien vertailun laajalti erotettujen lajien, kuten ihmisten ja sammakoiden , välillä toimimattomana . Sitä käytetään kuitenkin menestyksekkäästi fülogeneettisiin analyyseihin naapurilajien välillä.
Esimerkki sisäisen transkriboidun välikappaleen käytöstä: Caenorhabditis- lajien kladogrammi
|
Caenorhabditis
|
|
Elegans
|
|
C. odottamaton
|
|
|
C. sp. 35
|
| Elegans
|
|
|
|
|
|
|
C. wallacei
|
|
|
C. tropicalis
|
|
|
|
|
|
C. brenneri
|
|
|
C. doughertyi
|
|
|
|
|
|
|
C. elegans
|
|
|
| Japonica
|
|
|
|
|
|
C. nouraguensis
|
|
|
C. yunquensis
|
|
|
|
|
C. macrosperma
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
C. japonica
|
|
|
|
|
C. kamaaina
|
|
|
|
|
| Drosophilae
|
|
|
|
|
|
|
C. monodelphis
|
|
|
C. plicata
|
|
|
|
|
|
|
Caenorhabditis- lajien kladogrammi , joka perustuu "Sisäisen transkriptoidun välikappaleen" sekvenssien vertailuun Félix et ai. , 2014.
|
Historiallinen
CNRS: n emeritustutkimusjohtaja ja Académie des sciences -yhtiön jäsen Michel Delseny ilmoitti ensimmäisenä kaksisirkkaisen ribosomaalista RNA : ta koodaavien geenien välisekvenssistä vuonna 1988 ja osoitti ribosomaalisten geenien heterogeenisyyden kasveissa.
Huomautuksia ja viitteitä
-
(in) Masayuki Sumida, Yoji Kato ja Atsushi Kurabayashi , " sekvensointi ja analyysi sisäisen transkriptoidusta välikkeet (ITS) ja koodaavat alueet: n EcoRI-fragmentti ribosomaalisen DNA: n Japani lampi sammakko Rana nigromaculata " , Genes & Genetic Systems , Voi. 79, n ° 2
Huhtikuu 2004, s. 105-118 ( PMID 15215676 , DOI 10.1266 / ggs.79.105 , lue verkossa )
-
(sisään) Felix, Marie-Anne; Braendle, kristitty; Cutter, Asher D. (11. huhtikuuta 2014). "Virtaviivainen järjestelmä lajien diagnosoimiseksi Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae) -nimillä 15 erilliselle biologiselle lajille". PLOS ONE. 9: e94723. DOI : 10.1371 / journal.pone.0094723
-
M. Delseny et ai., " Heterogeenisyyden sekvenssit retiisin ydin ribosomaalisissa RNA-geeneissä ", Plant Sci. Letters , (1983), 30, s. 107-111
-
D. Delcasso-Tremousaygue et ai., ” Rakenteelliset ja transkription karakterisointi ulkoisen välike ribosomaalisen RNA: n ydin- geenin korkeamman kasvin ”, Eur. J. Biochem. , (1988), 172, s. 767-776
Ulkoiset linkit