Toinen Tšadin sisällissota alkoi taistelevat joka puhkesi helmikuussa 1979 eri liikkeiden Frolinat ja säännöllinen Tšadin asevoimien, ja jatkui sodan näiden eri liikkeiden pääasiassa vastakkaisia Goukouni Oueddei jotta Hissène Habrén . 7. kesäkuuta 1982 Habrén joukot tulivat pääkaupunkiin ja ottivat vallan sodan lopettamiseksi.
Helmikuussa 1979, kun pääkaupungissa syntyi jännitteitä, pohjoismaiset sotilaat lähtivät joukosta ja liittyivät Frolinatiin ja Pohjoisen asevoimiin (FAN). Taistelu puhkesi N'Djamenassa Frolinatin ja tavallisten Tšadin asevoimien eri liikkeiden välillä, mikä kääntyi nopeasti entisen eduksi.
Muodostetaan kansallinen siirtymäkauden yhtenäishallitus (GUNT).
Tasapaino tuskin kesti, ja maaliskuussa 1980 Habré ajoi GUNTin pääkaupungista. Erilaiset Frolinat-liikkeet ovat kääntymässä toisiaan vastaan ja vastustavat lähinnä Goukouni Oueddeita Habrélle, jota Libya ja Ranska tukevat.
Ranskalaiset evakuoivat Tšadin, Toukokuu 1980.
7. kesäkuuta 1982 Habrén miehet tulivat pääkaupunkiin ja ottivat vallan.