Sveitsin Institute of Bioinformatics (ISB, in Englanti Sveitsin Institute of Bioinformatics , SIB) on voittoa tavoittelematon akateemisen säätiö joka federates bioinformatiikan vuonna Sveitsissä . Vuodesta 2017 SIB on vastannut myös valaliiton henkilökohtaisesta terveysohjelmasta: Swiss Personalized Health Network (SPHN).
Instituutti perustettiin 30. maaliskuuta 1998tehtävänä on tarjota bioinformatiikan perustekijöitä Sveitsille ja kansainväliselle tiedeyhteisölle esimerkiksi genomiikan , proteomiikan ja systeemibiologian aloilla sekä koordinoida bioinformatiikan alaa Sveitsissä. Erityisesti instituutti edistää tutkimusta, tietokantojen ja tietotekniikan kehittämistä ja osallistuu opetus- ja palvelutoimintaan.
Alun perin Sveitsin bioinformatiikan instituutti perustettiin tarjoamaan vakaa pitkän aikavälin rahoituskehys sekä Swiss-Prot -tietokannalle että sveitsiläiselle solmulle EMBnet . SwissProtista erityisesti kokenut merkittävän rahoituksen kriisi 1996, joka johti johtajien viisi tutkimusryhmää aktiivinen Bioinformatiikka Geneve ja Lausanne , Ron Appel , Amos Bairoch , Philipp Bucher , Victor Jongeneel ja Manuel Peitsch ehdottaa uutta instituutin . Perustamisensa jälkeen instituutti pystyi hakemaan rahoitusta Sveitsin lain nojalla, jonka mukaan hallitus voi rahoittaa jopa 50% tutkimukseen ja elintärkeään koulutusinfrastruktuuriin liittyvistä menoista.
Instituutin ensimmäinen johtaja on Victor Jongeneel, jota seurasi vuosina 2001-2001 syyskuu 2007kirjoittanut Ernest Feytmans . Siitä asti kunkesäkuu 2018, instituuttia johtavat Christine Durinx ja Ron Appel, yksi sen perustajajäsenistä.
Sveitsin bioinformatiikan instituutti on bioinformatiikan tutkimusryhmien liitto, joka kuuluu 21 kumppanilaitokseen, mukaan lukien Baselin , Bernin , Fribourgin , Geneven , Lausannen , Luganon ja Zürichin yliopistot, Lausannen ja Zürichin liittovaltion ammattikorkeakoulut , Friedrich Miescher Biolääketieteellisen tutkimuksen instituutti sekä Geneven johtamisen yliopisto (HEG). Instituutin tutkimusryhmät sijaitsevat Baselissa , Bernissä , Fribourgissa , Genevessä , Lausannessa , Luganossa , Zürichissä , Yverdonissa , Wädenswilissä , Bellinzonassa ja Davosissa .
Instituutti kokoaa yhteen yli 70 tutkimusryhmää, palvelua ja infrastruktuuria, yhteen yli 700 tutkijaa, niin vaihtelevilla aloilla kuin proteomiikka , transkriptoosi , genomiikka , systeemibiologia , rakenteellinen bioinformatiikka , evoluution bioinformatiikka, mallinnus, kuvantaminen, biofysiikka , biokuraatio , väestögenetiikka ja kliininen bioinformatiikka.
Sveitsin bioinformatiikan instituutti tarjoaa laajan valikoiman hyödyllisiä resursseja biotieteiden tutkijoiden yhteisölle, joista suurin osa on saatavana Expasy- verkkoportaalin kautta. He ymmärtävät :
Instituutti kehittää ja ylläpitää kansainvälisesti tunnettuja tietokantoja, mukaan lukien UniProtKB / Swiss-Prot (tietokanta proteiinisekvensseistä, jotka on järjestetty ja luokiteltu manuaalisesti, mikä tarjoaa korkean tason merkinnät), neXtProt (ihmisproteiinitietokanta), SWISS-MODEL hakemisto (kolmiulotteiset proteiinirakennemallit), STRING (proteiinien vuorovaikutusverkot), SwissRegulon (genomin laajuiset transkriptiosäätelyverkot), EPD (eukaryoottisten promoottoreiden tietokanta), SWISS-2DPAGE (2D-geelitietokanta), WORLD-2DPAGE-hakemisto ( 2D- geelihakemisto ), PROSITE (proteiiniperheet ja -domeenit), MyHits (proteiinisekvenssit ja motiivit), Bgee (tietokantatiedot geeniekspressioprofiilien poimimiseksi ja vertaamiseksi eläinlajien välillä), OpenFlu (ihmisen ja eläinten influenssavirusten tietokanta), ViralZone ( portaali UniProtKB-virusproteiineihin), GlycoSuiteDB (tietokanta glykaanitiedot), SugarBindDB (luettelo tunnetuista hiilihydraattisekvensseistä, joihin patogeenit kiinnittyvät), OrthoDB (hierarkkinen luettelo ortologisista eukaryooteista), miROrtho (luettelo eläinmikro-RNA: iden geeneistä), ImmunoDB (tietokanta geeneistä ja geeniperheistä, jotka liittyvät hyönteisten immuunijärjestelmä) ja Cellosaurus (solulinjojen tietokanta).
Instituutti kehittää ja toimittaa ohjelmia biotieteiden tutkijoiden yhteisölle, kuten SWISS-MODEL (proteiinirakenteiden homologinen mallinnus), SwissDrugDesign (lääkkeiden suunnittelutukialusta), Melanie (2D-geelianalyysialusta), MSight (kuvantaminen ja massaspektrometrianalyysiohjelmisto), OMA (saatavana täydellisistä genomeista uutettujen ortologien tietokanta), DeepView / Swiss-PdbViewer (proteiinin visualisointi, mallinnus ja analyysi) V-putki (viruksen genomiikan putki) ja Newick (suuritehoinen fylogeneettinen puiden käsittely) ).
Instituutilla on useita bioinformatiikka-alustoja, jotka tarjoavat tietokone- ja tilastotukea sekä palveluita ja neuvoja biotieteiden tutkijoille, jotta he voivat toteuttaa tutkimusprojektinsa ja analysoida saatuja tietoja. Nämä infrastruktuurit on otettu käyttöön genomiikkaa, transkriptoomia ja proteomiikkaa varten. Instituutti tukee myös Vital-IT: tä , korkean suorituskyvyn laskentakeskusta , joka tarjoaa tietotekniikkaresursseja, kehitystukea ja neuvoja tiede-, akateemiselle ja teolliselle yhteisölle. Vital-IT jaetaan kolmelle sivustolle: Lausannen yliopistolle , École Polytechnique Fédérale de Lausannelle ja Geneven yliopistolle . Laskennalliset resurssit ja bioinformatiikkaosaaminen ovat läsnä myös Baselin alueella laskennallisen biologian keskuksen sciCORE kanssa .
Yksi Sveitsin bioinformatiikan instituutin painopisteistä on bioinformatiikan koulutuksen edistäminen ja koordinointi. Sen jäsenet osallistuvat suoraan tai epäsuorasti lukuisiin bioinformatiikan kursseihin kaikilla koulutustasoilla - lukiosta korkea-asteen koulutukseen - sekä biotieteilijöiden jatkokoulutukseen. Instituutti on myös kehittänyt bioinformatiikan jatko-opiskelijoiden verkoston, joka on avoin sveitsiläisistä korkeakouluista valmistuville opiskelijoille. Verkoston tavoitteet ovat kaksi:
Instituutti pyrkii myös esittelemään ja ymmärtämään bioinformatiikkaa maallikoille. Tämän viimeaikaisen kurinalaisuuden kasvavan merkityksen ymmärtäminen nyky-yhteiskunnassa on perustavanlaatuinen kysymys. Lähitulevaisuudessa potilaat viittaavat suoraan bioinformatiikan menetelmillä saatuihin tuloksiin. Vuodesta 2000 lähtien instituutti on ollut osallisena lukuisissa tieteellisissä avoimissa ovissa, luonut kaksi verkkolehteä, ulkonäyttelyn ja vuonna 2012 virtuaalinäyttelyn.