MNaasi-sekvenssi on tekniikka, jota käytetään molekyylibiologian alueiden tunnistamiseksi, että kromatiinin käytössä nukleosomeja koko genomin .
Tämä tekniikka perustuu MNaasilla pilkkomiseen johtaneiden fragmenttien suurella läpäisykyvyllä sekvensointiin . Kromatiinin pilkkominen MNaasilla on itsessään suhteellisen yksinkertainen ja tehokas menetelmä, joka tekee mahdolliseksi tunnistaa yhden tai useamman nukleosomin käyttämät DNA- alueet . Kun permeabiloituneiden solujen ytimet altistetaan MNaasille, kaksiarvoisen kationin (esimerkiksi Ca2 + ) läsnä ollessa tämä nukleaasi tekee kaksijuosteisia leikkauksia nukleosomien välillä, kuten vastakkaisessa kuvassa on esitetty. Kromatiinisubstraattien käsittely erittäin korkeilla MNaasipitoisuuksilla tuottaa suurimman osan mononukleosomeista. Siirtyminen geelillä, jota seuraa leikkaus noin 146 emäsparin (bp) ympäri, mahdollistaa sen, että saadaan suuri enemmistö mononukleosomeista. Tämän prosessin tuloksena olevat fragmentit sekvensoidaan sitten erilaisten suuritehoisten sekvensointiprotokollien mukaisesti.
MNase-Seq-datan perusprosessointi on samanlainen kuin ChIP-Seq , DNase-Seq ja FAIRE-Seq , paitsi että fragmentit venytetään yleensä tarkalleen 146 bp: ksi fragmenttien todellisen koon heijastamiseksi. Muut menetelmät, jotka perustuvat lukea muutos 73 bp: n avulla voidaan myös päätellä nukleosomaalisten keskipiste, tai päät nukleosomien mukaan eivät suorita mitään venymä kunkin säikeen ja käyttämällä alkaa koordinoida kunkin lukea (suunnattu mukaan säie).