Lämmönkestävät DNA-polymeraasit

Lämpöstabiilin DNA-polymeraasin ovat DNA-polymeraasit organismeista termofiileistä , kuten tietyt bakteerit , jotka ovat luokkaa arkkien ja taudinaiheuttajien . Nämä polymeraasit ovat stabiileja korkeissa lämpötiloissa (noin 100 ° C), ja siksi niitä voidaan käyttää polymeraasiketjureaktioon (PCR) ja muihin menetelmiin DNA : n monistamiseksi ja modifioimiseksi .

Bakteeripolymeraasit

Tärkeimmät bakteereista johdetut termostabiilit polymeraasit ovat Taq-polymeraasi , Tfl- polymeraasi, Tma- polymeraasi, Tne- polymeraasi ja Tth- polymeraasi.

Nämä bakteeripolymeraasit ovat tyyppiä A. Niillä on 5 '→ 3' polymeraasiaktiivisuus, 5 '→ 3' eksonukleaasiaktiivisuus ja ne lisäävät adenosiinia syntetisoidun DNA: n 3'-päähän ( tahmeat päät ). Prosessivuus (engl. Processivity ) on yksi määritellyistä DNA-polymeraasien ominaisuuksista, joka on polymeraasin sisällyttämien emäsparien keskimääräinen lukumäärä ennen irtoamista käytetystä DNA-templaatista (Engl. Template ). Liian pieni prosessiviteetti siis rajoittaa qPCR- reaktiossa käytettyjen alukkeiden välistä maksimietäisyyttä . Taq-polymeraasin prosessiteetti on noin 200 emäsparia.

Archaeal-polymeraasit

Laajimmin käytetty lämpöstabiilin DNA-polymeraasin ja arkkien ovat Pfu-polymeraasia , Pwo-polymeraasia , KOD -polymeraasia, Tli -polymeraasi (synonyymi Vent ), Tag -polymeraasin, Tce polymeraasi, Tgo -polymeraasi, TNA1 polymeraasi, TPE -polymeraasi, Tthi polymeraasi, NEQ polymeraasia ja Pab -polymeraasia.

Huomautuksia ja viitteitä

  1. J. Cline, JC Braman, HH Hogrefe: PCR toistotarkkuus pfu DNA-polymeraasilla ja muiden lämpöstabiilien DNA-polymeraasien. Julkaisussa: Nucleic Acids Res . , Bd. 24, nro 18, 1996, S. 3546–3551. PMID 8836181 ; PMC 146123 .
  2. B. Villbrandt, H. Sobek, B. Frey, D. Schomburg: Verkkotunnusten vaihto: Thermus aquaticuksen DNA-polymeraasin, Escherichia coli-DNA-polymeraasin I ja Thermotoga neapolitana-DNA-polymeraasin kimeerit. Julkaisussa: Protein Eng. , Bd. 13, nro 9, 2000, S. 645–654. PMID 11054459 .
  3. W. Abu Al-Soud, P. Rådström: Kapasiteetti yhdeksän lämpöstabiilin DNA-polymeraasin välittävän DNA: n monistaminen: n läsnä ollessa PCR-estävä näytteitä. Julkaisussa: Appl. Noin. Mikrobioli. , Bd. 64, nro 10, 1998, S. 3748–3753. PMID 9758794 ; PMC 106538 .
  4. M. Takagi, M. Nishioka, H. Kakihara, M. Kitabayashi, H. Inoue, B. Kawakami, M. Oka, T. Imanaka: Pyrococcus sp. KOD1-kanta ja sen soveltaminen PCR: ään. Julkaisussa: Appl. Noin. Mikrobioli. , Bd. 63, nro 11, 1997, S. 4504–4510. PMID 9361436 ; PMC 168769 .
  5. H. Kong, RB Kucera, WE Jack: karakterisointi DNA-polymeraasia hypertermofiili arkkien Thermococcus litoraliksesta. Ilmaa DNA-polymeraasi, vakaan tilan kinetiikka, lämpöstabiilisuus, prosessiviteetti, juosteen siirtyminen ja eksonukleaasiaktiivisuudet. Julkaisussa: J Biol Chem . , Bd. 268, nro 3, 1993, S. 1965–1975. PMID 8420970 .
  6. K. Böhlke, FM Pisani, CE Vorgias, B. Frey, H. Sobek, M. Rossi, G. Antranikian: Termofiilisen euryarchaeonin Thermococcus aggregans -bakteerin B-tyypin DNA-polymeraasin PCR-suorituskyky paransi mutaatioilla Y-GG: ssä /Kuvio. Julkaisussa: Nucleic Acids Res. , Bd. 28, nro 20, 2000, S. 3910–3917. PMID 11024170 ; PMC 110800 .
  7. KP Kim, H. Bae, IH Kim, ST Kwon: Hypertermofiilisen arkeonin, Thermococcus celerin, DNA-polymeraasin kloonaus, ilmentäminen ja PCR-käyttö. Julkaisussa: Biotechnol Lett. (2011), Bd. 33 (2), S. 339-46. PMID 20953664 .
  8. B.Arezi, W.Xing, JA Sorge, HH Hogrefe: Lämpöstabiilien DNA-polymeraasien monistustehokkuus. Julkaisussa: Analyyttinen biokemia. Bändi 321, Nummer 2, lokakuu 2003, S. 226–235, PMID 14511688 . PDF .
  9. Y. Cho, HS Lee, YJ Kim, SG Kang, SJ Kim, JH Lee: Hypertermofiilisen arkeonin Thermococcus onnurineus NA1 dUTPaasin karakterisointi ja sen käyttö polymeraasiketjureaktion monistuksessa . Julkaisussa: Mar Biotechnol (NY) , Bd. 9, nro 4, 2007, S. 450–458. PMID 17549447 .
  10. JI Lee, YJ Kim, H.Bae, SS Cho, JH Lee, ST Kwon: Biokemialliset ominaisuudet ja PCR-suorituskyky perheen B DNA-polymeraasista hypertermofiilisestä euryarchaeon Thermococcus peptonophiluksesta. Julkaisussa: Appl Biochem Biotechnol. , Bd. 160, nro 6, 2010, S. 1585–1899. PMID 19440663 .
  11. D. Marsic, JM Flaman, JD Ng: Uusi DNA-polymeraasi hypertermofiilisestä meriarkeonista Thermococcus thioreducens. Julkaisussa: Extremophiles , Bd. 12, Nr. 6, 2008, S. 775–788. PMID 18670731 .
  12. JG Song, EJ Kil, SS Cho, IH Kim, ST Kwon: Sormien aliverkkotunnuksen keskellä oleva aminohappotähde on mukana Neq DNA -polymeraasin prosessiteetissa: muokatun Neq-DNA-polymeraasin prosessoitavuus ja sen PCR-sovellus. Julkaisussa: Protein Eng. Of. Suola. , Bd. 23, nro 11, 2010, S. 835–842. PMID 20851826 .
  13. J. Dietrich, P. Schmitt, M. Zieger, B. Preve, JL Rolland, H. Chaabihi, Y. Gueguen: Pyrococcus abyssin erittäin lämpöstabiilin, B-tyypin DNA-polymeraasin erittäin lämpöstabiilin, PCR-suorituskyky. Julkaisussa: FEMS Microbiol Lett. , Bd. 217, nro 1, 2002, S. 89–94. PMID 12445650 .