Trypsiini
Trypsiini ( EY ) on peptidaasi mehun haiman mukana ruuansulatuksen proteiineista . Se on seriiniproteaasi , joka hydrolysoidaan peptidisidoksia sijaitsee vieressä C jäännös on lysiini tai arginiini , jotka ovat aminohappoja perus .
Trypsiini
Kiteytetyn naudan trypsiinin rakenne ( PDB 1UTN )
| Pfam | PF00089 |
|---|---|
| InterPro | IPR001254 |
| FIKSU | SM00020 |
| TULEVAISUUS | PDOC00124 |
| MEROPS | S1 |
| SCOP | 1c2g |
| SUPERFAMILY | 1c2g |
| CDD | cd00190 |
Synteesi
Se syntetisoidaan haiman muodossa trypsinogeeni ( inaktiivinen proentsyyminä ), tallennetaan sitten entsymaattinen rakkuloihin asinaarisoluissa josta se erittyy aikana ruoansulatusta . Trypsinogeenin aktivaatio trypsiiniksi on seurausta propeptidin hydrolyysistä enterokinaasin vaikutuksesta tai trypsiinin itsensä aktivoimalla . Kolekystokiniini-pankreotsymiini aktivoi entsyymien (siis trypsiinin) erityksen haiman mehussa.
Entsyymiaktiivisuus
Trypsiini| EY-nro | EY |
|---|---|
| CAS-numero |
| IUBMB | IUBMB-merkintä |
|---|---|
| IntEnz | IntEnz-näkymä |
| BRENDA | BRENDA-sisäänkäynti |
| KEGG | KEGG-tulo |
| MetaCyc | Aineenvaihduntareitti |
| PRIAM | Profiili |
| ATE | Rakenteet |
| MENNÄ | AmiGO / EGO |
Trypsiini on endoproteaasi, joka hydrolysoi peptidisidokset, joissa emäksinen aminohappo ( Lys - | - Xaa tai Arg - | - Xaa ) harjoittaa happotoimintoa (lukuun ottamatta tapausta, jossa seuraava aminohappo (kaaviokuva "Xaa") on Proline ). Se leikkaa nämä aminohapot C-päässä. Toisin sanoen se muuntaa polypeptidiketjut lyhyemmiksi proteiiniketjuiksi ruoansulatuksen mahdollistamiseksi . Tehokas pH-arvossa 7,5 - 8,5 se inaktivoidaan ja pilkotaan muutaman tunnin kuluessa neutraalissa pH-arvossa (= 7) suolistossa.
Trypsiini osallistuu muiden entsyymien, kuten alfa-kymotrypsiinin, aktivaatioon katkaisemalla hydrolyyttisesti kymotrypsinogeenin polypeptidiketju.
Tämä entsyymi sen S-trypsiini tai Trysin kaltainen muoto on myös käytetty aikana 1 st viikon ihmisen alkion kehityksen, segmentointi. Trophoblast erittää sen blastokystaa ympäröivän zona pellucidan sulattamiseksi. Tätä ilmiötä kutsutaan D6: n ympärillä tapahtuvaksi taudinpurkaukseksi, joka sallii implantin kohdun limakalvoon.
Mekanismi
Trypsiini kuuluu seriiniproteaasien perheeseen, jonka arkkityyppi se on. Näille entsyymeille on tunnusomaista katalyyttisen kolmikon läsnäolo, joka koostuu sivuketjuista, jotka koostuvat kolmesta aminohaposta : seriinistä (Ser-195), histidiinistä (His-57) ja aspartaatista (Asp-102). Nämä tähteet ovat vuorovaikutuksessa ja muodostavat maksu rele, joka tekee seriinin aktiivisen kohdan nukleofiilinen ja mahdollistaa hyökkäys karbonyyli- ryhmä ja hydrolysoidun peptidisidoksen .
Lisäksi, trypsiiniä sisältää "oksianioneja reikä" reunustaa amidi ryhmät polypeptidirungon tasolla glysiinin 193 ja seriini 195. Tämä ontelo vastaanottaa happi- atomi karbonyyliryhmän katkaistun maha- sidos ja stabiloi reaktio välituotteen mukaan edistämällä negatiivisen varauksen muodostumista hapessa.
Positiivisesti varautuneen jäännöksen tunnistaminen heti ylävirtaan katkaisukohdasta suorittaa aspartaatin 189 karboksylaattiryhmä (-COO - ), joka sijaitsee juuri ylävirtaan sijaitsevan aminohapon sivuketjun tunnistustaskun pohjassa ( Pilkkoutumiskohdan N- terminaalinen puoli ). Tunnetun aminohapon positiivisen varauksen ja aspartaatin negatiivisen varauksen välinen sähköstaattinen vuorovaikutus on tärkein tekijä tässä selektiivisyydessä.
Liittyvät patologiat
In haimatulehdus ja kystinen fibroosi , trypsiini on huonosti evakuoitu, se on tärkein syy tulehduksellinen reaktio haiman.
käyttää
Trypsiiniä esiintyy useimmissa eläimissä. Tätä entsyymiä käytetään laajalti proteomiikan tutkimusmenetelmissä , erityisesti proteiinien karakterisointiin ja sekvensointiin. Siten sitä käytetään erityisesti massaspektrometriassa proteiinien pilkkomiseksi ennen analyysiä.
Trypsiiniä käytetään soluviljelmissä viljelypulloihin tai Petri-maljoihin kiinnittyneiden solujen irrottamiseksi . Tämä johtuu siitä, että trypsiini katkaisee tarttuvan kalvoproteiinit ja solut löytyvät sitten suspensiosta. Tätä "trypsiinointia" käytetään päivittäin soluviljelmien ylläpitämiseen ( siirtymällä suurempaan viljelypulloon tai kertomalla pullot), solujen laskemiseksi virtaussytometrialla tai muiden analyysien tekemiseksi. Tämä hoito vaikuttaa kuitenkin vähän soluihin (elinkyky, kalvomarkkerit), joten trypsiinin toimintaa on rajoitettava: eliminoitava pesemällä solut, sitä estää myös sikiön vasikaserumin lisääminen (proteiineja on suuri ylimäärä kalvoproteiineissa) ) tai spesifinen estäjä. Vaihtoehtoisesti käytetään muita entsyymejä.
Trypsiiniä käytetään myös immunohematology havaitsemiseksi epäsäännöllinen vasta-aineiden tai jopa aikana perustetaan karyotyyppi : esimerkiksi, hydrolysoimalla histonit, ja yhdessä värjäystä Giemsa, se mahdollistaa ulkonäkö G bändejä DNA ja sen vuoksi tarkat tunnistetiedot kromosomit. Kromosomaalinen poikkeavuus voidaan siten havaita.
Ihmisen trypsiinisekvenssi
Isoformi A sisältää 304 aminohappoa.
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 MCGPDDRCPA RWPGPGRAVK CGKGLAAARP GRVERGGAQR GGAGLELHPL LGGRTWRAAR DADGCEALGT VAVPFDDDDK IVGGYTCEEN SLPYQVSLNS 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 GSHFCGGSLI SEQWVVSAAH CYKTRIQVRL GEHNIKVLEG NEQFINAAKI IRHPKYNRDT LDNDIMLIKL SSPAVINARV STISLPTTPP AAGTECLISG 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 WGNTLSFGAD YPDELKCLDA PVLTQAECKA SYPGKITNSM FCVGFLEGGK DSCQRDSGGP VVCNGQLQGV VSWGHGCAWK NRPGVYTKVY NYVDWIKDTI AANSIsoform B sisältää 260 aminohappoa.
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 MELHPLLGGR TWRAARDADG CEALGTVAVP FDDDDKIVGG YTCEENSLPY QVSLNSGSHF CGGSLISEQW VVSAAHCYKT RIQVRLGEHN IKVLEGNEQF 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 INAAKIIRHP KYNRDTLDND IMLIKLSSPA VINARVSTIS LPTTPPAAGT ECLISGWGNT LSFGADYPDE LKCLDAPVLT QAECKASYPG KITNSMFCVG 210 220 230 240 250 260 FLEGGKDSCQ RDSGGPVVCN GQLQGVVSWG HGCAWKNRPG VYTKVYNYVD WIKDTIAANSIsoformi C sisältää 247 aminohappoa.
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 MNPFLILAFV GAAVAVPFDD DDKIVGGYTC EENSLPYQVS LNSGSHFCGG SLISEQWVVS AAHCYKTRIQ VRLGEHNIKV LEGNEQFINA AKIIRHPKYN 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 RDTLDNDIML IKLSSPAVIN ARVSTISLPT TPPAAGTECL ISGWGNTLSF GADYPDELKC LDAPVLTQAE CKASYPGKIT NSMFCVGFLE GGKDSCQRDS 210 220 230 240 GGPVVCNGQL QGVVSWGHGC AWKNRPGVYT KVYNYVDWIK DTIAANSHuomautuksia ja viitteitä
- arvot massan ja tähteiden määrä ilmoitetaan tässä ovat ne, joilla on proteiinin esiasteen johtuvat käännös ja geenin , ennen translaation jälkeisiä modifikaatioita , voivat erota merkittävästi vastaavista arvoista että funktionaalisen proteiinin .
- http://www.interchim.fr/ft/1/158624.pdf Trypsiini-inhibiittorit (SBTI, BPTI, SPTI)
- http://www.interchim.fr/ft/N/N68081.pdf Solujen hellä dissosiaatio Accutasen toimesta
Katso myös
- Kymotrypsiini ja karboksipeptidaasi A, kaksi haiman proteaasien aktivoidaan trypsiinillä.